A 24 de Março de 1999, com a intensificação dos confrontos na região do Kosovo, na antiga República Federal da Jugoslávia, a NATO constituiu a Operação Allied Force, com os F-16 portugueses participando ativamente das operações da NATO para conter a crise humanitária da região do Kosovo.
A participação nacional na Operação Allied Force veio destacar e comprovar a maturidade da capacidade, assim como a versatilidade das aeronaves e tripulações nacionais, consubstanciando, de forma efetiva, o compromisso do país em prol da paz e segurança internacionais.
Neste período, os F-16 nacionais operaram a partir da Base Aérea de Aviano, em Itália, tendo efetuado, por diversas vezes, missões que excederam as 7 horas de voo, com recurso a múltiplos reabastecimentos em voo.

O destacamento nacional foi constituído por 3 aeronaves F-16A, 60 militares (pilotos, mecânicos e pessoal de apoio às operações). A participação nacional ficou marcada por um total de 281 saídas com 1050 horas de voo.
As aeronaves nacionais executaram missões de Combat Air Patrol (CAP) e vigilância aérea, na Albânia, Adriático, Hungria e sobre o território da ex-Jugoslávia, assegurando a integridade das áreas de exclusão aérea, para com as forças oponentes.