Em 1998, com a aprovação do programa Peace Atlantis II (PAII), para aquisição de mais 25 aeronaves, previamente operadas pelos EUA, estavam reunidas as condições para completar um total de 40 aeronaves F-16 (33 monolugares e 7 bilugares) e, com isso, constituir uma segunda esquadra de F-16 em Portugal.

As 25 células adquiridas através do programa PAII, foram selecionadas como parte dos Excessive Defense Articles (EDA) dos EUA, encontrando-se, à data, armazenadas no deserto, em estado de inibição completa. As 5 células remanescentes foram armazenadas para reserva.

Este período ficou ainda marcado com a decisão de modernizar a frota nacional para o padrão Mid Life Upgrade (MLU) caracterizado por um aumento significativo das capacidades operacionais dos F-16 nacionais.

Como parte desta decisão foi ainda consubstanciada a intenção de Portugal passar a fazer parte do consórcio internacional Multi National Fighter Program (MNFP), constituído por um conjunto de nações aliadas (Bélgica, Dinamarca, Holanda, Noruega, EUA e Portugal) operando a mesma plataforma F-16.

A conversão dos F-16 nacionais para a configuração MLU teve início em meados dos anos 2000, após a receção das primeiras células PAII, vindas do Aerospace Maintenance and Regeneration Center (AMARC).

O programa MLU, já a decorrer no seio dos parceiros EPAF, visa modernizar as capacidades operacionais, com recurso a novo hardware, sensores e software, resultando em melhorias significativas nos sistemas de aviónicos, armamento, comunicações e capacidades de defesa e de sobrevivência em ambiente hostil, assim como estender a vida útil das aeronaves F-16 através de reforços estruturais, até às 8000 horas de voo.

Este processo permitiu que os F-16 permanecessem militarmente relevantes e eficazes nas décadas seguintes. A conversão para o padrão MLU fortaleceu ainda mais a posição de Portugal como operador proeminente e moderno dos caças F-16, garantindo sua relevância contínua nas operações de defesa nacional e internacional.